在探討屋頂有違章建筑但防雷檢測合格是否能出具合格檢測報告的問題時，我們需要從防雷檢測的目的、內容、標準及違章建筑對防雷系統(tǒng)的影響等多個方面進行分析。

防雷檢測的目的與內容

防雷檢測的主要目的是評估建筑物的防雷系統(tǒng)的可靠性和合規(guī)性，確保其能夠有效防止或減輕雷電災害對建筑物及其內部設備、人員的損害。檢測內容通常包括建筑物內外部的防雷設備、接地系統(tǒng)和相關電氣設施等的全面檢查和測試。

違章建筑對防雷系統(tǒng)的影響

違章建筑的存在可能會對建筑物的防雷系統(tǒng)產生一定影響。例如，違章建筑可能改變了原有建筑物的結構、高度或形狀，從而影響了雷電的接閃效果和防雷設備的布局。此外，違章建筑也可能對防雷系統(tǒng)的接地裝置、電氣線路等造成干擾或破壞，進而影響其防雷效果。

合格檢測報告的出具條件

防雷檢測報告的出具是基于檢測結果是否符合相關標準和規(guī)范來判斷的。如果防雷系統(tǒng)經過檢測后，各項性能指標均符合國家或行業(yè)的相關標準要求，且未發(fā)現明顯的缺陷和故障，那么就可以出具合格檢測報告。

然而，需要注意的是，違章建筑本身屬于違法行為，其存在可能違反了城鄉(xiāng)規(guī)劃、建筑安全等相關法律法規(guī)。因此，在防雷檢測過程中，如果發(fā)現屋頂存在違章建筑，檢測機構應及時向相關部門報告，并協(xié)助處理。但違章建筑的存在并不直接影響防雷檢測報告的出具，只要防雷系統(tǒng)本身符合標準要求，就可以出具合格報告。

結論

綜上所述，屋頂有違章建筑但防雷檢測合格的情況下，是可以出具合格檢測報告的。但檢測機構在檢測過程中應注意發(fā)現并報告違章建筑問題，并建議相關單位及時整改。同時，相關單位也應積極配合整改工作，確保建筑物的防雷系統(tǒng)及其他設施的安全可靠。

需要注意的是，以上分析僅基于防雷檢測的技術標準和流程進行，并不涉及具體的法律法規(guī)執(zhí)行問題。在實際操作中，應嚴格遵守相關法律法規(guī)和規(guī)定要求。